استمراراً في إظهار الإهتمام في تحسين خدمة المراجع ومن باب التطوير المستمر والدائم بمستشفى آية فقد تم انشاء وحدة التعقيم في المستشفى حيث زودت بأحدث الأجهزة للتعقيم بالحرارة والغاز للوصول إلى أعلى مستوى من الأمان في استخدام المعدات الطبية . ويتولى إدارة هذا القسم مجموعة من الفنيين. الذين يشرفون بإستمرار على عمل تلك المعدات، من خلال زرع عينات تأخذ بشكل عشوائي من المعدات المعقمة . من أهم مميزات هذه الوحدة أنها مكونه من ثلاثة مناطق معزولة تماماً عن بعضها وهذة المناطق هي :
- منطقة الغسيل وإزالة التلوث من العدد الجراحية
- منطقة فحص الادوات الجراحية للجودة ورصها وتغليفها حسب المواصفات العالمية والدولية
- منطقة تخزين المواد المعقمة ذات مواصفات عالية
وهذه المناطق معزولة عن بعضها تماماً حتى في مجاري الهواء حيث أن الهواء ذا ثلاثة أنواع في الضغط الجوي ليكون سالباً في الأولى وموجباً في الثانية وموجباً مضاعفاً في الثالثة لكي يتم تغيير الكتلة الهوائية داخل القسم بالكامل (10) مرات في الساعة الواحدة. كما أنه يتم ربط كافة الأجهزة ضمن برنامج كمبيوتر لكي يتم إدارة هذا القسم بواسطة الكمبيوتر وهذا الأول من نوعه في المملكة العربية السعودية والمناطق المجاورة.